使用容器进行 R 开发

先决条件

概述

在本节中，您将学习如何为容器化应用程序设置开发环境。这包括

添加本地数据库并持久化数据
配置 Compose 在您编辑和保存代码时自动更新正在运行的 Compose 服务

获取示例应用程序

你需要克隆一个新仓库来获取一个包含连接数据库逻辑的示例应用程序。

切换到你想要克隆仓库的目录，并运行以下命令。

$ git clone https://github.com/mfranzon/r-docker-dev.git

配置应用程序以使用数据库

要尝试 Shiny 应用程序和本地数据库之间的连接，你必须修改 `Dockerfile`，更改 `COPY` 指令。

-COPY src/ .
+COPY src_db/ .

添加本地数据库并持久化数据

您可以使用容器设置本地服务，例如数据库。在本节中，您将更新 compose.yaml 文件以定义数据库服务和用于持久化数据的卷。

在克隆的仓库目录中，用 IDE 或文本编辑器打开 `compose.yaml` 文件。

在 `compose.yaml` 文件中，你需要取消注释用于配置数据库的属性。你还必须挂载数据库密码文件，并在 `shiny-app` 服务上设置一个指向容器中文件位置的环境变量。

以下是更新后的 `compose.yaml` 文件。

services:
  shiny-app:
    build:
      context: .
      dockerfile: Dockerfile
    ports:
      - 3838:3838
    environment:
      - POSTGRES_PASSWORD_FILE=/run/secrets/db-password
    depends_on:
      db:
        condition: service_healthy
    secrets:
      - db-password
  db:
    image: postgres
    restart: always
    user: postgres
    secrets:
      - db-password
    volumes:
      - db-data:/var/lib/postgresql/data
    environment:
      - POSTGRES_DB=example
      - POSTGRES_PASSWORD_FILE=/run/secrets/db-password
    expose:
      - 5432
    healthcheck:
      test: ["CMD", "pg_isready"]
      interval: 10s
      timeout: 5s
      retries: 5
volumes:
  db-data:
secrets:
  db-password:
    file: db/password.txt

注意
要了解有关 Compose 文件中指令的更多信息，请参阅Compose 文件参考。

在使用 Compose 运行应用程序之前，请注意此 Compose 文件指定了一个 `password.txt` 文件来存储数据库密码。你必须创建此文件，因为它未包含在源代码仓库中。

在克隆的仓库目录中，创建一个名为 `db` 的新目录，并在该目录中创建一个名为 `password.txt` 的文件，其中包含数据库的密码。使用你喜欢的 IDE 或文本编辑器，将以下内容添加到 `password.txt` 文件中。

mysecretpassword

保存并关闭 `password.txt` 文件。

现在你的 `r-docker-dev` 目录中应该有以下内容。

├── r-docker-dev/
│ ├── db/
│ │ └── password.txt
│ ├── src/
│ │ └── app.R
│ ├── src_db/
│ │ └── app_db.R
│ ├── requirements.txt
│ ├── .dockerignore
│ ├── compose.yaml
│ ├── Dockerfile
│ ├── README.Docker.md
│ └── README.md

现在，运行以下 `docker compose up` 命令来启动你的应用程序。

$ docker compose up --build

现在打开浏览器测试你的数据库连接：

https://:3838

你应该会看到一个弹出消息

DB CONNECTED

在终端中按 ctrl+c 停止您的应用程序。

自动更新服务

使用 Compose Watch 在您编辑和保存代码时自动更新正在运行的 Compose 服务。有关 Compose Watch 的更多详细信息，请参阅使用 Compose Watch。

`compose.yaml` 文件中的第 15 到 18 行包含的属性会触发 Docker 在当前工作目录中的文件发生更改时重建镜像。

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services:
  shiny-app:
    build:
      context: .
      dockerfile: Dockerfile
    ports:
      - 3838:3838
    environment:
      - POSTGRES_PASSWORD_FILE=/run/secrets/db-password
    depends_on:
      db:
        condition: service_healthy
    secrets:
      - db-password
    develop:
      watch:
        - action: rebuild
          path: .
  db:
    image: postgres
    restart: always
    user: postgres
    secrets:
      - db-password
    volumes:
      - db-data:/var/lib/postgresql/data
    environment:
      - POSTGRES_DB=example
      - POSTGRES_PASSWORD_FILE=/run/secrets/db-password
    expose:
      - 5432
    healthcheck:
      test: ["CMD", "pg_isready"]
      interval: 10s
      timeout: 5s
      retries: 5
volumes:
  db-data:
secrets:
  db-password:
    file: db/password.txt

运行以下命令，使用 Compose Watch 运行您的应用程序。

$ docker compose watch

现在，如果你修改 `app.R`，你将实时看到更改，而无需重新构建镜像！

在终端中按 ctrl+c 停止您的应用程序。

摘要

在本节中，你了解了如何设置 Compose 文件以添加本地数据库并持久化数据。你还学习了如何使用 Compose Watch 在更新代码时自动重建并运行容器。

后续步骤

在下一节中，您将了解如何使用 GitHub Actions 设置 CI/CD 管道。